距离矩阵箱线图可可视化

发布日期:2021-09-10 15:37    点击次数:130

1 微生物组数据使用TMM等矫正测序数据-更加适合目前发文章要求

2 使用箱线图可视化距离矩阵

library(tidyverse)library(ggClusterNet)library(phyloseq)data(ps)ps.scale = scale_micro(ps,method = "TMM" )unif <- phyloseq::distance(ps.scale , method= "bray") %>% as.matrix()gro = sample_data(ps)head(gro)library(tidyfst)dat1 = unif %>% as.matrix() %>% tidyfst::mat_df() head(dat1)A = c()for (i in 1:dim(dat1)[1]) { if (gro[dat1$row[i],][[2]] == gro[dat1$col[i],][[2]]) { A[i] = T } else { A[i] =F }}dat1$group = Ahead(gro)gro$id = row.names(gro)dat2 = dat1 %>% filter(group == T) %>% left_join(gro,by = c("row" = "id")) head(dat2)ggplot(dat2) + geom_boxplot(aes(x = Group,y = value,color =Group,fill = Group),alpha = 0.3) +  theme_classic()

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根际互作生物学研究室 简介

根际互作生物学研究室是沈其荣教授土壤微生物与有机肥团队下的一个关注于根际互作的研究小组。本小组由袁军副教授带领,主要关注:1.植物和微生物互作在抗病过程中的作用;2 环境微生物大数据整合研究;3 环境代谢组及其与微生物过程研究体系开发和应用。团队在过去三年中在 isme J, Microbiome, PCE,SBB,Horticulture Research等期刊上发表了多篇文章。欢迎关注 微生信生物 公众号对本研究小组进行了解。

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